En 1532, los sacerdotes católicos reconocieron elementos y simbolismos entre el cristianismo y el culto solar de los Incas: la cruz y el Cristo Solar. De la misma forma los nobles Incas reconocieron los símbolos sagrados de la cultura hispano romana. Los sacerdotes católicos bautizaron en el cristianismo a la teocracia del Cusco, quienes se convirtieron a la fe en medio de la guerra civil que en ése entonces vivía el Imperio Incaico y que enfrentaba a las casas reales de Cusco y Quito. De esta forma surge la celebración del Corpus Christi en el Cusco.
Con esta alianza política entre el Reino de España y las casas reales del Cusco termina la guerra civil incaica, siendo Quito derrotado por un confederación formada por los españoles, el reino del Cusco, el reino Huanca y los reinos cañaris del bajo Perú.
De esta forma surge en el siglo XVI el Perú moderno, constituido por un sistema de doble ciudadanía o de dos repúblicas sobrepuestas en un mismo territorio; la República de Indios, con su capital Cusco, cabeza de los reinos del Perú, y la República de Españoles, con su capital Lima, sede del Virreynato del Perú. Existían pues, nobles incas y nobles españoles, bien diferenciados, cada cual con sus respectivas instituciones y colegios, así como autoridades propias.
Sin embargo, con los siglos, el poder de Lima se sobrepuso sobre el Cusco. La guerra de sucesión española terminó con este Perú: tras la guerra proclamada por Túpac Amaru II a España, la nobleza incaica fue abolida por el Virreynato.
La historia es injusta al juzgar a los primeros hispanos católicos que llegaron al Perú en el siglo XVI. Si bien es cierto, la invasión europea se consolidó bajo la bandera de España, no todos eran cristianos, católicos ni mucho menos hispano romanos. Los primeros hispano romanos del Perú fueron encomendados por las Órdenes religiosas encargadas de la evangelización católica de América del Sur: Franciscanos, Dominicos y Jesuitas entre otras. Gracias a la labor de estos encomendados y de las Órdenes religiosas es que se construyeron las modernas naciones de Perú, Bolivia, Chile, Ecuador, Argentina, Paraguay y Uruguay.
